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巴氏殺菌采用較低的殺菌溫度，高溫殺菌采用135℃以上滅菌數秒。
具體如下；
巴氏滅菌法(pasteurization)，亦稱低溫消毒法，冷殺菌法，是一種利用較低的溫度既可殺死病菌又能保持物品中營養物質風味不變的消毒法。通過巴氏殺菌機采用較低溫度(一般在60～82℃)，在規定的時間內，對食品進行加熱處理，達到殺死微生物營養體的目的，是一種既能達到消毒目的又不損害食品品質的方法。
高溫殺菌一般采用采用135℃以上滅菌數秒。營養成分上，高溫殺菌由于溫度較高，營養物質破壞也會比巴氏殺菌多，但破壞的主要是維生素等微量營養物質，其他蛋白質、脂肪等無太大差異。巴氏殺菌營養破壞較少，但由于不能殺死所有細菌，所以保質期也較短。
. 殺菌溫度與時間：巴氏殺菌乳采用較低的殺菌溫度；超高溫滅菌乳采用135℃以上滅菌數秒。
2. 風味：巴氏殺菌乳口味新鮮、接近于生鮮牛奶；超高溫滅菌乳有熟奶味或蒸煮味。
3. 營養：巴氏殺菌機做成的乳營養破壞少；超高溫滅菌乳營養破壞多，主要是維生素等微量營養物質，但主要的營養成分如蛋白質、脂肪和乳糖等無大差異。
4. 保存條件和保質期：巴氏殺菌乳在2—8℃下存放3—10天；超高溫滅菌乳常溫下可保存3—6個月，袋裝超高溫滅菌乳也可存放1.5個月。
5. 國外消費：巴氏殺菌乳是主要消費類型；超高溫滅菌乳是次要或較少消費量。
巴氏殺菌奶的優點是：既可以殺死所有的致病菌，又較好地保存了牛奶的營養與天然風味。但殺菌后仍存在部分耐熱的細菌，因此要求在4℃左右的溫度下保存，且只能保存2—7天。
超高溫滅菌奶是經過瞬時超高溫（135—140℃）滅菌處理，無菌包裝制成的牛奶，超高溫滅菌奶一般可以常溫保存6個月。
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